A Estrutura Organizacional da UNIVERSIDADE NILTON LINS é composta dos seguintes órgãos:
- Órgãos Deliberativos
- Conselho Universitário;
- Conselho de Ensino, Pesquisa e Extensão;
- Órgãos Executivos
- Chancelaria;
- Reitoria;
- Vice-Reitoria;
- Pró-Reitoria de Extensão, Comunidade e Cultura;
- Pró-Reitoria de Pesquisa e Pós-Graduação;
- Pró-Reitoria de Graduação.
O Conselho Universitário é o órgão deliberativo e normativo superior, competindo-lhe definir diretrizes e políticas gerais da Universidade, acompanhar sua execução e avaliar seus resultados à luz das finalidades e princípios da Instituição.
O Conselho de Ensino, Pesquisa e Extensão é o órgão superior de deliberação coletivo, autônomo em sua competência, responsável pela coordenação de todas as atividades de ensino, pesquisa e extensão da Instituição, competindo-lhe definir diretrizes da política educacional, obedecendo ao princípio da indissociabilidade entre o ensino, a pesquisa e a extensão.
A Reitoria é o órgão executivo superior da UNIVERSIDADE NILTON LINS, responsável por sua administração geral, em consonância com a missão e os princípios institucionais. Compõe-se do Reitor, Vice-Reitor e órgãos suplementares, subordinados diretamente ao Reitor com a finalidade de apoiar as atividades-fim e as atividades-meio, no âmbito da Universidade.
A Vice-Reitoria é órgão integrante da Reitoria, com funções de apoio administrativo, técnico e executivo à Reitoria da UNIVERSIDADE NILTON LINS, contribuindo na implementação de políticas e diretrizes educacionais.
A Pró-Reitoria de Extensão, Comunidade e Cultura é o órgão incumbido de planejar, organizar, coordenar e controlar atividades extensionistas, contemplando programas, projetos, eventos, cursos, prestação de serviços, publicações e outros produtos de modo a favorecer a relação dialógica entre a universidade e a sociedade e a construção de saberes necessários à conquista dos direitos humanos. A Pró-Reitoria de Extensão é constituída pelas Coordenadorias de Assuntos Comunitários, Coordenadoria de Cultura e Coordenadoria de Idiomas.
A Pró-Reitoria de Pesquisa e Pós-Graduação é o órgão incumbido pela consolidação da política de pesquisa e inovações, bem como da iniciação científica da UNIVERSIDADE NILTON LINS, estimulando os pesquisadores a envolver os estudantes de graduação e de pós-graduação no processo de investigação científica, despertando a vocação para pesquisa entre os discentes e docentes, além de ser responsável pela implementação dos cursos de pós-graduação, Lato-Sensu e Stricto Sensu, da Universidade, de gestão de programas especiais e convênios de formação e qualificação.
Vincula-se- à Pró-Reitoria de Pesquisa e Pós-Graduação a Editora Nilton Lins, com a finalidade de articular as iniciativas dos diferentes segmentos institucionais no que concerne a atividade editorial.
O Comitê de Ética em Pesquisa e o Comitê de Ética no Uso de Animais, vinculados à Pró-Reitoria de Pesquisa e Pós-Graduação tem regimento próprio, elaborado pelos membros integrantes.
A Pró-Reitoria de Graduação é o órgão incumbido de planejar, coordenar e acompanhar todas as atividades de Graduação da UNIVERSIDADE NILTON LINS, propiciando o desenvolvimento de projetos pedagógicos na busca incessante de melhoria da relação teoria e prática, e da construção de matrizes e experiências curriculares que potencializem uma identidade que responda aos anseios da comunidade e da região amazônica, promovendo, ainda, a articulação com as demais Pró-Reitorias, no que concerne o processo seletivo do corpo docente, as atividades de pesquisa e de extensão, observadas as competências regimentais.
As Coordenadorias representam unidades da estrutura da Universidade, para a promoção integrada das atividades de ensino, pesquisa e de extensão. A nomenclatura de Coordenadoria é assumida nas Pró-Reitorias de Graduação, de Pós-Graduação e de Extensão, Comunidade e Cultura. A gestão administrativa de cada Coordenadoria é exercida por um Coordenador.
Constituem parte integrante da estrutura da Pró-Reitoria de Graduação, a Coordenadoria de Educação a Distância e as Coordenadorias de Curso. A Coordenação de Educação a Distância, vinculada à Pró-Reitoria de Graduação, é responsável pelo planejamento, organização, coordenação e acompanhamento da educação a distância, na forma da legislação em vigor. A Coordenadoria de cada Curso de Graduação vinculado a essa área fica sob a responsabilidade e acompanhamento da Pró-Reitoria de Graduação.
Os colegiados de graduação e de pós-graduação são os responsáveis, pela formulação, supervisão e execução dos projetos pedagógicos. O Coordenador de Curso é responsável pelo gerenciamento executivo e técnico-pedagógico, vinculado à Pró-Reitoria de Graduação. Todos os colegiados mantêm representação permanente de discentes.