O Programa de Pós-Graduação em Aqüicultura possui duas grandes linhas de pesquisa:
Aquicultura para Conservação ambiental
O papel dos sistemas de cultivos de diferentes espécies na diminuição da pressão sobre os estoques naturais, além da capacidade de manutenção do pool gênico, como reserva para possível recuperação de áreas degradadas.
Sistemas de Produção em Aquicultura
Animais de interesse para produção, tipos de sistemas de cultivo, adequação de sistemas de produção a áreas específicas, nutrição, sanidade, reprodução, beneficiamento do pescado dentre outros, com fins de produção de pescado para o comércio de alimentos e para o comércio de peixes ornamentais.