O Programa de pós-graduação da Universidade Nilton Lins visa formar profissionais com capacidade de liderar e aplicar conhecimentos em situações novas e convencionais, habilitando-os assim para o mercado de trabalho. No ano de 1994 a Universidade Nilton Lins iniciou suas primeiras atividades em pós-graduação, logo em 1998 firmou parceria com a Universidade Americana Nova Southeastern University, o MBA, seria esse o primeiro semipresencial de Manaus.
Alinhado aos padrões internacionais de qualidade, a universidade oferece aos estudantes um leque de oportunidades voltado ao seu aperfeiçoamento profissional. A partir dos anos 2000 a instituição passou a oferecer diversas especializações em diferentes áreas profissionais tais como: Administração Hospitalar e Gestão de Serviços de Saúde; Gestão Estratégica de Negócios; Auditoria e Perícia Contábil; Psicopedagoga; Direito Civil e Processual Civil entre outros. Em 2005 foram iniciados os programas de Pós-Graduação em nível de Mestrado Acadêmico, Mestrado Profissional e Doutorado nas áreas de Biologia Urbana e Aquicultura, realizado com a associação do Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia (INPA).
A Universidade Nilton Lins oferece mais de 25 cursos em Pós-Graduação atualmente e conta com o apoio e associação da Fundação de Amparo á Pesquisa do Estado (Fapeam) e o Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia (INPA).